嘉靖四年(1525年)知州黄应开在州署右西坡建凤坡书院。
嘉靖六年(1527年)四月初七日，飞鸾桥再建骏工，上筑瓦屋48间，两头尽处各一门。费白银1260两。
嘉靖九年(1530年)督学黄佐在湘山之东侧建湘山书院。
嘉靖二十一年(1542年)全州大疫。
同年夏四月丁卯午刻有飞石陨柳山应泉池。
嘉靖二十七年(1548年)六月，州属四都山崩水涌，冲毁升乡民房，毁田400余亩。
嘉靖二十八年(1549年) 广西督学谢少南总纂《全州志》。计7纲、58目，共10万言。已佚。
嘉靖三十六年(1557年)大田村士人邓尚友捐资重修璜溪书院，次年兴工，于三十八年竣工。
嘉靖四十年(1561年)，在县署右西坡复建凤坡书院。
万历十四年(1586年)邑人舒宏志中丙戍科探花。
万历年间(1573～1619年)全州学正王大猷撰《全州志》共二册。已佚。
万历四十六年(1618年)八月至十月，每夜有巨星见东方，长丈余，有白气如匹练自北而南。
崇祯二年(1629年)二月初九日，湘山松花会，有84人冒充香客，焚城内贵绅之家而劫其财，兵民奋力追捕，生擒10余人。
崇祯十年(1637年)湖南临武、蓝山农民郭子奴，率矿工起义，次年率军数万围攻全州。明廷震惊，诏令粤西巡抚林贽率狼兵数千人至全州，义军败走。
同年四月初八日，地理学家、旅游家徐霞客，乘舟溯湘江抵黄沙埠，在境内游历15天。
清
顺治四年(1647年)十月，清兵攻陷全州，知州马鸣銮降清。
同年，十一月初一日，南明军郝永忠(郝摇旗)、卢鼎、赵印选、焦琏各部，在全州大败清军，收复全州。
顺治五年(1648年)二月，清恭顺王孔有德率兵攻占全州。五月，南明军复之。
顺治六年(1649年) 八月、十二月全州两度易手。清朝任命的首任全州知州李令闻(浙江籍)就职视事。七年九月清军又占全州。
顺治九年(1652年)六月，南明抗清将领李定国率部由湖南向广西进军，攻克全州，即围桂林，清定南王孔有德自杀。次年李军退出全州。
康熙十三年(1674年)四月，去岁平西王吴三桂反清，此时遣兵2万屯驻黄沙河。
康熙十七年(1678年)彗星见东方。
康熙十八年(1679年)五月，全州大饥，担米售银2两。
康熙二十七年(1688年)分别改山角驿、山枣驿为巡检司。
康熙二十八年(1689年)，全州知州黄志璋修《全州志》共8卷、8纲、63目。今存。
康熙二十九年(1690年)十二月大雪，竹木尽凋。
康熙三十四年(1695年)正月，全州地震。