淳熙年间(1174～1189)清湘县教授余元一撰《清湘志》共六卷。已佚。
淳熙年间(1174～1189) 大田村进士邓宁民，建太极书院于璜溪之滨(今两河大田村西南角)。
嘉泰年间(1201～1204)清湘县教授林瀛续修《清湘志》共6卷。已佚。
嘉定四年(1211年)五月大水，淹没城堞及民房。
嘉定七年(1214年)知州林［巴山］在柳开读书堂废址修建清湘书院。
景炎元年(1276年)清湘县令肖岩叟以城降元。
元
至元十四年(1277年)四月，全州立安抚司。六月，改州为全州路，设总管府。仍领清湘、灌阳二县。
至元三十年(1293年)邑人曹横舟捐水田101亩，并雇工伐山辟建磐石脚官道。次年路成。宽1.4～1.5丈，长30余丈，湘、桂来往商旅称便。
元统二年(1334年)三月，广西庆远府瑶民起义军进攻全州路，诏平章政事探马赤统兵二万御之。
至元六年(1340年) 飞鸾桥因戍兵失火焚毁，次年三月修复。计6拱、桥亭瓦屋47间、堂屋3间，费白银5200两。
至正元年(1341年)总管王文干改筑原清湘县土城。
至正七年(1347年)县人邓华夫就太极书院旧址修建璜溪书院。
至正八年(1348年)湖南靖州瑶民起义军领袖吴天保率众六万破全州路城，路内瑶民闻风响应，大败元军。
至正十二年(1352年)湖广农民起义军进攻全州路，被元军镇压而失败。
至正十五年(1355年)全州路总管石亨祖在旧城基础上加砌砖石。
明
洪武元年(1368年)春，朱元璋派湖广行省平章杨璟率师南征。三月。左丞周德兴克全州路。
同年，改全州路为全州府。同知章复编《农圃通谕》1卷，分发全府农户，教民耕种。
洪武四年(1371年)乡民在蕉江龙口开采铅矿。
洪武六年(1373年)知府章复率县民从黄沙河至界首的百里官道两旁，种植松树。嗣后绿荫蔽道，人称“章侯松”。
洪武九年(1376年)全州府降为州。隶湖广永州府。裁清湘县。
洪武二十七年(1394年)全、灌瑶民反抗明王朝压迫，举行武装起义。朱元璋诏广西都指挥使韩观，调湖广营兵进行镇压，杀瑶民1400余人。
同年八月，全州由原隶湖南永州府改隶广西桂林府。
成化八年(1472年)全州大饥。
成化年间(1465～1487年)全州训导吴伯璋(福建闽县人)编《全州志》。已佚。
正德九年(1514年)开封府尹顾璘谪知全州。在清湘书院废址重建书院，广纳士子，并亲授艺文。
嘉靖元年(1522年)五月，州属四都(今庙头、文桥、黄沙河全境及永岁部分区域)山崩水涌、坏田禾数百顷。