南明抗清
南明桂王朱由榔抗清，历时15年(1647至1661)，其中前9年在全州有战事。
顺治四年(1647)二月，清军攻取平乐，南明永历帝朱由榔走全州，武冈总兵刘承胤率兵至今州，挟持永历帝至武冈。三月，黄沙河镇守总兵焦琏率兵协守桂林。七月，湖广总督何腾蛟谋划于全州，原在湖南进行战事的南明将领郝摇旗、卢鼎、赵印选，胡一青等相继率部汇集全州一带。十一月清军大举进攻全州。何腾蛟坐镇指挥，督郝摇旗、焦琏、卢鼎、赵印选、胡一青等将领分路拒守，连营200里，大败清军。
顺治五年(1648)二月，清恭顺王孔有德率军至全州，何腾蛟军南撤，南明岳阳伯王允成、总兵唐文曜、 全州知州马鸣鸾均降清。全州、兴安、灌阳苗瑶31处，洞260处为清军控制，当时清江西提督金声恒、广东提督李成栋反正归附南明，清军被迫撤退，五月何腾胶乘势光复全州，焦琏光复永州。
顺治六年(1649) 五月，清廷改封孔有德为定南王。孔率军2万再度进攻广西。八月，南明胡一青在湖南被清郑亲王济尔哈朗军击败， 率军1万退至全州城北30里，再立六营复被击溃，清军再度进入全州。
顺治七年(1650) 九月，清军第4次攻全州，南明诸军不战而溃，清军占领全州，并向南推进。
顺治九年(1652)三月，南明西宁王李定国(原张献忠旧部，永历帝封为西宁王)自贵阳出师， 5月会师祁阳，直向桂林。李定国派冯双礼率军4万先行，李率军6万殿后，先取全州。途中冯双礼与清军1万人遭遇， 斩其骁将李四，清军败入全州城。冯双礼率部全力攻城，全歼清军李性养所部。七月初四，李定国率兵攻入桂林，清定南王孔有德自缢。当年八月至次年三月，李定国部队两次进入全州，次年夏，全州为清军所据。
雷再浩武装起义
雷再浩(湖南新宁人，瑶族)与李世德(全州庄塘人，汉族)肖立山(全州人，瑶族)创立秘密“棒棒会”(属天地会堂会之一)，组织反清武装。道光二十七年秋(1847)，雷在黄卜垌打造兵器，李世德在庄塘组织人力，李辉至新宁城作内应，商定九月十八日(10月26日)起义，攻新宁城。因风声走漏，提前于九月初八日宣布起义。十二日新宁团练江忠源围杀黄卜垌义军扑空而后回县。十三日起义军一部攻盆溪村，十四日主力驰援全州咸水口李世德据点，大败广西清军。十五日，义军欲攻新宁、受阻折回全州庄塘、占梅溪、苦竹坪等地。五排地势险峻，会众尤多，李欲立为根据地，遂自焚庄塘，自领一队屯苦竹坪，由再浩率领一队，屯五排，九月二十六日，雷再浩于小地河山冲大败广西清军，毙敌40余人。当时，湘、桂两省巡抚奉命“会剿”，湘团练江忠源部于十月二日袭邓家冲，李世德未及防备，兵败自杀。雷再浩闻邓家冲被袭，弃五排，十二日至把火石与广西清军遭遇，毙敌守备李廷杨以下80人。十五日，雷再浩驻董家坪，受清军夹击。二十一日至咸水口，复受挫折。二十二日雷再浩率余部退入新宁深冲垌，坚守不出。后中敌引诱计于十二月二十六日被俘，肖立山下落不明，起义失败。这次起义波及湘、桂两省，震动清廷。十月十五日谕命“……着广西巡抚郑祖琛，严饬全州文武员弁，一体实力防堵，务将肖立山等上紧严拿。……不准一名漏网”。湘、桂提督直接指挥作战，湘西南、桂北10余城戒严，揭开了道光末年广西农民大起义的序幕。