卫 所
明洪武元年(1368)建全州守御千户所，隶湖南永州卫，洪武二十八年改隶广西都司。下辖10个百户所，原额官军706员，军官20员。卫所士兵，实行屯垦制度，戍守与屯垦相结合。正德、嘉靖年间，在瑶民起义地区，增设堡隘，经费由州内人口、丁粮摊派，由巡检佐理分发防守，关要之所，拨旗军兼以打手，控制瑶区。
民 壮
明弘治七年(1494)立《佥民壮法》，民壮按里甲派充，由官府训练，遇警调拨，调拨时供应军粮，富户不愿应征者可缴款代募，民壮按期进行训练，春夏季每月操三次。里甲派出民壮人数，10年编审一次，时全州有民壮606名。嘉靖廿二(1543)年以后，民壮数额酌增。
巡检司
州内下属设柳浦(今庙头白果村) 、建安(今凤凰建安司)、西延(今资源县)3个巡检司，为州下属的军政机关。