这时是石涛在绘画笔墨上得心应手，在理论上能自成体系，从而形成了恣肆洒脱艺术风格的时期。属于他有个性的面目变得更为清晰起来，上海博物馆所藏石涛画作中即不乏这时期佳作，如在南京所作《蕉菊竹石图轴》，作于康熙25年（1686年），当时石涛45岁，此图画面浓墨淡墨交替应用，对比度较强，墨的变化和线条的运用也十分熟练，从画风看，具有徐青藤、陈白阳的韵味。另一幅《细雨虬松图轴》，作于康熙26年（1687年），石涛是年46岁，是一幅不可多得的细笔山水佳作，画笔方圆结合，高处峻岭以方笔折角为外形，近处坡石以圆笔为使转，行笔舒缓而自然，既保留安徽画派的气息，又融会了倪云林的骨格，有一种清丽幽雅、清谧淡远的韵味。
　　康熙29年（1690年），49岁的石涛在燕京，此时是他精力最充沛，心情亦舒畅的时期，因而创作了不少巨幛大幅作品，上海博物馆所藏《醉吟图轴》，为北上时所作作品，用笔严谨，画风细腻，描绘了美丽的江南山居佳境。
　　绘画艺术炉火纯青
　　石涛于51岁从北京回到扬州定居，直至终老天年，这期间是石涛绘画艺术达到炉火纯青的阶段。艺术上的成熟和旺盛的创作精力，使石涛的画艺达到高峰，代表作品如52岁所画《余杭看山图卷》（癸酉康熙32年）、58岁所作《卓然庐图轴》（己卯康熙38年）、59岁所作的《溪南八景图册》（庚辰康熙39年）等，件件精绝，是石涛绘画作品中出类拔萃的佳作。
　　《余杭看山图轴》为石涛北上南归后所作，他以虚灵的笔墨节奏，流畅如泻的笔势，描绘出了作者昔年在浙江余杭城外远眺大涤山之情景，画面上江南丘陵郁葱绵亘，一览无遗的佳境令人心驰神往。
　　《卓然庐图轴》以湿笔淡墨作底，用浓墨钩皴，山石皴法取直皴填凹凸之形，笔势平稳沉着，布局采用董其昌四面取势格局，景色无奇，但有超然绝世的宁静舒适感。
　　《溪南八景图册》为康熙39年石涛61岁所作，是作者壮暮之年的小景杰作。作品按祝允明《溪南八景诗》诗意，生动描绘出皖南歙县的溪南山村佳景。曾经客居皖南，熟悉当地山野美景的石涛，运用自如地把他所熟悉的山岭、溪流、田野、月色付之笔端，活灵活现地展现于盈尺宣纸上。
　　石涛于康熙46年（1707年）与世长辞，在最后的岁月中，他还能以苍劲流利的画笔画出最后的一些作品。作于康熙44年乙酉（1705年）的《梅竹图》（上海博物馆藏）为其中之一。此图以罗纹纸作画，由于半生半熟的纸质特点，画面达到了湿润而不漫漶的笔墨效果，更兼用笔清逸流畅，构图巧妙，把梅干、枝枒、花瓣、花蕊及寥寥数枝的竹枝得体地画于各个部位，是件文人画意趣浓厚的作品。
　　《莲社图》画的是晋代高僧惠远等在庐山白莲池畔结社参禅的故事。与《十六应真图》相比，人物占的位置和比重更突出，对面目、服饰的细节描写更具体，也就更生动传神，线描同样瘦挺缜密，但更圆熟。山石的画法，也显得老到而有力度，烘染更大胆湿润，凸现了人物在画中的地位，使之与周围的环境融洽。其成熟程度和艺术水平，应在《十六应真图》之上。
　　《莲社图》的款识，前后共二处，一为画成时的落款，“湘源石涛济道人敬画”题在卷首右下方。一为乙酉年(1705年)重题的长跋，书自己的画语。从款字的笔法及字号的用法上可看出二题并非出于同时。前一题的书法，与我们所见到的石涛三十岁前后楷中兼行，舒撇展捺的一种书体极相似。石涛所称的“湘源”，即湘江之源——广西，这是他的祖籍。他的一方印章“赞之十世孙”正是为怀念那位袭封于广西的高祖靖江王朱赞仪而刻，显赫的出身成了他永远的记忆。这种落款形式在石涛的早中期作品，如故宫博物院所藏他庚申种秋画的《山水图册》、上海博物馆藏的辛酉七夕所画《山水花卉》册中都偶能一见。不过在石涛的晚年，“湘源”被改成了“清湘”，成了人们习见的石涛字号，“湘源”反不为大家所熟知了。款字的书写特征这一不为人熟知的早年别号，为鉴定《莲社图》提供了又一可靠的依据。
　　关于“白莲社”，历史上有不少人画过这一题材，目前能见较早的一幅是传为李公麟外甥张激所作的手卷(今藏博宁博物馆)。如果拿石涛的《莲社图》与这幅南宋人所作的同名手卷相比较，我们会发现其中的某些相似之处，两卷的人物组合、动作、聚散乃至基本的造型都大致相同。只是石涛画得更精到，更重视细节的描写，线描亦由兰叶描改为铁线描，而树石的画法，则完全不同。由此，我们可以推测，传为张激的画的这一南宋本子，由于清初时期尚未入宫(它曾为梁清标所藏)，青年时代曾一度活动在收藏风气很盛的江浙、安徽一带的石涛，很有可能见到过这个手卷或一个忠于原作的摹本。但作为一个非常有自信的天才画家，石涛绝不愿意亦步亦趋刻板地死临前人的作品，而是在取其大略的情况下进行再创造，这正是一直强调“我用我法”，反对“古人既立法之后，便不容今人出古法”的化古为新的石涛精神。正是这种精神，使石涛既超越了前人，赋予《莲社图》全新的面貌与笔墨，也超越了自己，使这一于《十六应真图》的工笔人物手卷，画出了更高的水准。据于古人，屈从古人，处处“存我”的艺术个性，再一次证明了石涛此卷的可靠性。
　　总之，从画风的时代特征、年龄特征、性格特征等多方面考证，《莲社图》卷无疑是石涛的真迹，是一幅他青年时代的精心杰作，是中国美术史不可忽视的传世佳作，一定会得到研究者和收藏家的关注和珍爱