境内侵入岩分布亦较广，约占全县面积的20％。主要出露于县内西部越城岭一带。其次在县内南部的海洋山花岗岩体亦占有一隅。侵入岩的岩性几乎全为酸性的花岗岩，其侵入时代为加里东期。
越城岭花岗岩
呈岩基产出，侵入前泥盆系，接触面倾向南东，倾角较陡，为50～80度，被泥盆系沉积不整合覆盖其上， 其侵入时代地质依据较充分，同位素年龄为409百万年，属加里东期。岩体岩性变化不大，按结构可分为中心相和边缘相。中心相为岩体的主要部分，以中粒斑状花岗岩为主，其次为中粒和粗粒花岗岩。边缘相，分布于岩体的边缘，形成宽窄不等的条带状，以细粒斑状花岗岩为主， 次为细粒花岗岩。部分岩石黑云母超过5％，则称为细粒斑状黑云母花岗岩。该岩体发育有脉岩，常见石英脉、细粒花岗岩脉、细晶岩脉、伟晶岩脉、花岗斑岩脉及云煌岩脉等。其中细粒花岗岩脉和细粒斑状花岗岩脉有些呈岩株产出，明显侵入加里东期岩体。
海洋山花岗岩
分布于县境南部，县境内仅为其边缘的一小部分，呈岩基产出，属中深成相。岩体与奥陶系呈侵入接触关系，而与中泥盆统为沉积不整合接触，故其侵入时代属加里东期。该岩体主要由中粒斑状黑云母花岗岩和细粒斑状黑云母花岗岩组成。此外，在县境东部白岭以西，出露有小面积的细粒花岗岩体，呈岩株产出，侵入中泥盆统。