全州县境内共有河流123条，沿程曲长2182公里，其中主流1条，即湘江，湘江由兴安县界首流入县境，经凤凰、绍水、才湾、枧塘、全州镇、永岁、黄沙河、庙头等9个乡镇。于庙头镇岔岗流入湖南东安县境，流长110.1公里，河面宽约180米，有渡口24个，码头12个。为中原通往岭南的主要航道。其次为灌江，从灌阳县上马头流入境内经白水、两河、桂家、五桂岭、源东、江东、高峰、邓家埠、绕山到达水南村汇入湘江，境内流程32.4公里，全部能通行木船，共有渡口7个，为灌阳通往境内的主要航道。三为罗水，由长乡河、万乡河、山川河3条河流合汇而成，在县城三江口流入湘江，能通航10公里，有渡口3个，其它河流均能通木排竹筏。